Description

Amber est une suite de programmes de simulation biomoléculaire.
Le terme « Amber » fait référence à deux choses. Premièrement, il s’agit d’un ensemble de champs de force de mécanique moléculaire pour la simulation de biomolécules (ces champs de force sont dans le domaine public et sont utilisés dans une variété de programmes de simulation). Deuxièmement, il s’agit d’un ensemble de programmes de simulation moléculaire comprenant le code source et des démonstrations.

Mise en place de l’environnement

ml amber

Version disponible

• Amber 25
• AmberTools 25

Tutoriel

Exécution d’une commande amber

$ ml simulation/amber
$ pdb4amber --version
1.6.dev
usage: pdb4amber [-h] [-i FILE] [-o FILE] [-y] [-d] [-s STRIP_ATOM_MASK]
                 [-m MUTATION_STRING] [-p] [-a] [--constantph]
                 [--most-populous] [--keep-altlocs] [--reduce]
                 [--no-reduce-db] [--pdbid] [--add-missing-atoms]
                 [--model MODEL] [-l FILE] [-v] [--leap-template]
                 [--no-conect] [--noter]
                 [input]
...

Documentation

• Site officiel
• AmberTools