La soumission de job se fait principalement via une commande « sbatch script.sh ».
Script de soumission d’un calcul lammps
#!/bin/sh
#SBATCH --job-name=job
#SBATCH --partition=normal # submission queue (normal or long or bigmem or bigpu or quadgpu)
#SBATCH --time=1-1:00:00 # 1-1 means one day and one hour
#SBATCH --mail-type=ALL # Type can be BEGIN, END, FAIL, ALL(any statchange).
#SBATCH --output=job_seq-%j.out # if --error is absent, includes also the errors
#SBATCH --mem=8G # T-tera, G-giga, M-mega
#SBATCH --nodes=4 # 4 cpus CPU Numbers
#SBATCH --mail-user=votre_mail@domain.precis
echo "-----------------------------------------------------------"
echo "hostname = $(hostname)"
echo "SLURM_JOB_NAME = $SLURM_JOB_NAME"
echo "SLURM_SUBMIT_DIR = $SLURM_SUBMIT_DIR"
echo "SLURM_JOBID = $SLURM_JOBID"
echo "SLURM_JOB_ID = $SLURM_JOB_ID"
echo "SLURM_NODELIST = $SLURM_NODELIST"
echo "SLURM_JOB_NODELIST = $SLURM_JOB_NODELIST"
echo "SLURM_TASKS_PER_NODE = $SLURM_TASKS_PER_NODE"
echo "SLURM_JOB_CPUS_PER_NODE = $SLURM_JOB_CPUS_PER_NODE"
echo "SLURM_TOPOLOGY_ADDR_PATTERN = $SLURM_TOPOLOGY_ADDR_PATTERN"
echo "SLURM_TOPOLOGY_ADDR = $SLURM_TOPOLOGY_ADDR"
echo "SLURM_CPUS_ON_NODE = $SLURM_CPUS_ON_NODE"
echo "SLURM_NNODES = $SLURM_NNODES"
echo "SLURM_JOB_NUM_NODES = $SLURM_JOB_NUM_NODES"
echo "SLURMD_NODENAME = $SLURMD_NODENAME"
echo "SLURM_NTASKS = $SLURM_NTASKS"
echo "SLURM_NPROCS = $SLURM_NPROCS"
echo "SLURM_MEM_PER_NODE = $SLURM_MEM_PER_NODE"
echo "SLURM_PRIO_PROCESS = $SLURM_PRIO_PROCESS"
echo "-----------------------------------------------------------"
# USER Commands
# Move to /scratch or launch from it
# mv directory
# special commands for openmpi/gcc
module load openmpi/gcc/64/1.10.7
# lammps
module load lammps
./lmp-mpi etc arg agr < file.txt
# end of the USER commands
Lancement de plusieurs tâches dans un même job.
voici une solution si vous souhaitez lancer plusieurs tâches dans un même job,
Admettons que vous souhaitiez lancer quatre commandes en parallèle, appelées my_cmd1, my_cmd2, my_cmd3 et my_cmd4. Dans ce cas, vous devez ajouter ces commandes dans votre script Slurm, en plaçant un & à la fin de chaque ligne de commande pour les exécuter en arrière-plan. N’oubliez pas d’ajouter la commande wait à la fin de votre script, car elle permettra au job d’attendre la fin de l’exécution des commandes avant de se terminer. Sinon, votre job risque de se terminer avant que les quatre commandes aient eu le temps de s’exécuter.
De plus, assurez-vous de paramétrer le nombre de tâches à lancer en parallèle en utilisant l’option #SBATCH --ntasks-per-node=4 (ou un nombre adapté à vos besoins).
Ce qui donne :
#!/bin/sh
#SBATCH --job-name=job
#SBATCH --partition=normal # submission queue (normal or long or bigmem or bigpu or quadgpu)
#SBATCH --time=1-1:00:00 # 1-1 means one day and one hour
#SBATCH --ntasks-per-node=4 # 1-1 means one day and one hour
# Define all your sbatch parameters you need here
# ...
echo "-----------------------------------------------------------"
echo "hostname = $(hostname)"
echo "SLURM_JOB_NAME = $SLURM_JOB_NAME"
# displays all pieces of information that you need
# ...
echo "-----------------------------------------------------------"
./my_cmd1&
./my_cmd2&
./my_cmd3&
./my_cmd4&
wait